تهدف الكلية إلى:
- تلبية حاجة المجتمع المحلي والعربي من الصيادلة المؤهلين للتجاوب مع التطور السريع الذي تشهده القطاعات الصحية في العالم.
- وضع سياسة دوائية حديثه في الأردن و ترشيد استهلاك الأدوية، وذلك بالمشاركة الفاعلة مع القطاعات الصحية والصيدلانية المحلية.
- رفع أداء مستوى الخدمات الصحية التي تُقدم للمريض وتحسينها.
- التعاون مع الصناعات الدوائية المحلية والعالمية في مجال البحث والتطوير من أجل إيجاد أدوية جديدة أكثر فعالية وأقل سُميَّة.
- طرح حلول عملية من قِبل أعضاء هيئة التدريس في الكلية لمشاكل الصناعة الدوائية.
- رفع سوية الأداء العلمي والمهني التطبيقي للصيادلة العاملين في المجالات المختلفة.
- التفاعل مهنياً مع نقابة الصيادلة والجمعيات الصيدلانية في طرح برنامج التعليم الصيدلاني المستمر.
- ايجاد بيئة بحثية من أجل رفع سوية البحث العلمي الصيدلاني، وخصوصا تلك الأبحاث التي تتعلق بالتطبيقات الحديثة لعلوم الصيدلة المختلفة.