تتضمن الدورة مسار أطروحة من 9 ساعات معتمدة:

1. يمكن للطالب التسجيل في الرسالة بعد إنهاء ما لا يقل عن 9 ساعات معتمدة خلال الفصلين الدراسيين الثاني وقبل الفصل الرابع في البرنامج.
2. عمل الأطروحة يعادل ثلاثة ستة فصول دراسية.

يمكن أن يكون مشروع الأطروحة عبارة عن بحث يجريه الطالب تحت إشراف أحد أعضاء هيئة التدريس في سياق التخصصات الثلاثة الرئيسية للعلوم الصيدلانية الأساسية وهي:

1. اكتشاف الأدوية وتطويرها
2. الصيدلة وتطوير الأدوية
3. مبادئ الصيدلة والتطوير السريري.

يمكن أن يكون المشرف حاصلاً على رتبة أستاذ مساعد أو أعلى. أن يكون للأستاذ المساعد القدرة على إجراء أبحاث مستقلة وأن يكون قد نشر بحثين على الأقل في مجلات علمية معتمدة خلال السنوات الثلاث الأخيرة

يجب على كل طالب تقديم أطروحة كجزء من متطلبات درجة الماجستير في العلوم الصيدلانية. يجب أن تتوافق الرسالة المكتوبة مع لوائح الجامعة الخاصة بتقديم رسائل الماجستير (http://languages.ju.edu.jo/ar/Arabic/FacultyForms/A9.pdf).

عند التقديم، يجب على الطالب اجتياز الأطروحة الحية ليتم تنفيذها من قبل لجنة مناقشة الأطروحة التي تتكون من مشرف (مشرفي) الطالب، وممتحن خارجي واثنين من الممتحنين الداخليين.

​